Balıkesir Üniversitesi Balıkesir Yöresi Kültürünü Araştırma ve Uygulama Merkezi, Üniversitelerde Akademik Teşkilat Yönetmeliği'nin Ek-1 maddesi uyarınca, Yükseköğretim Kurulu (YÖK) Yürütme Kurulu’nun 17 Temmuz 1998 tarihli kararı ile kurulmuştur.
Balıkesir Yöresi Kültürünü Araştırma ve Uygulama Merkezinin kurucu müdürü Prof. Dr. Ali DUYMAZ’dır. 2005-2007 yılları arasında Doç. Dr. Mehmet AÇA, 2007-2015 yılları arasında Yrd. Doç. Dr. Abdülkerim GÜLHAN müdürlük görevini üstlenmiştir.